南京市文化遗产保护研究所为南京市博物总馆的分支机构，成立于2014年。

文保所的主要职能是：开展全市文化遗产调查、评估、汇总等工作；做好全市文化遗产保护规划和方案编制等工作；承担市级以上重点文物保护单位及其他具有文物价值的古建筑、古遗址、石刻及近现代建筑物、馆藏文物的保护和科学研究工作等。